La gestione dei flussi documentali è l'insieme di funzionalità che consentono di gestire e organizzare la documentazione ricevuta e prodotta dalle amministrazioni. Consente la corretta registrazione di protocollo, l’assegnazione, la classificazione, la fascicolazione, il reperimento e la conservazione dei documenti informatici.

L’Agenzia definisce, attraverso le specifiche tecniche le modalità operative per eseguire le operazioni di registrazione di protocollo, definite dalla Circolare Agid 23 gennaio 2013, n. 60. A partire dall'11 ottobre 2015 le Pubbliche Amministrazioni sono tenute, in base all'articolo 7, comma 5 delle suddette Regole tecniche, ad inviare in conservazione il registro giornaliero di protocollo entro la giornata lavorativa successiva.